Bachelor Projects

Ausgehend von Strukturinformationen aus der Kristallographie sollen in diesem Projekt Antikörper gegen COVID-19 am Computer entworfen werden. Eingesetzte Methoden umfassen Moleküldynamik-Simulationen sowie Freie Energie Berechnungen (Prof. Rainer Böckmann, Computational Biology).

Das Projekt soll Neuland betreten in der Analyse von Peptid-Membran Wechselwirkungen. Basierend auf massiv parallelen Simulationen der Interaktion von Peptiden mit unterschiedlich zusammengesetzten Phospholipid-Membranen als Mimetika zum einen von Plasmamembranen und zum anderen von bakteriellen Membranen, sollen neuronale Netze eingesetzt werden im Design von Peptiden mit definierten Eigenschaften (Prof. Rainer Böckmann, Computational Biology).

Die Domänenbildung in biologischen Membranen spielt eine herausragende Rolle für die laterale Lokalisation von Rezeptoren, deren Oligomerisierung, sowie für die Signalgebung über Membranen. In diesem Projekt soll mittels atomistischer und sogenannter coarse-grained Moleküldynamik-Simulationen die Bildung und Dynamik von Membrandomänen auf der Nanometer-Skala untersucht werden. Die Membranzusammensetzung ist dabei an biologische Membranen angelehnt. Ein besonderes Augenmerk gilt in diesem Projekt dem Einfluss von Neurotransmittern auf die Domänenbildung (Prof. Rainer Böckmann, Computational Biology).